Não se deve confundir efeito com causa na relação entre cérebro e faculdades mentais. O Espírito sempre dispõe das faculdades que lhe são próprias, independentemente do estado dos órgãos corporais. A direção causal é do Espírito para a matéria: não são os órgãos cerebrais que produzem ou concedem as faculdades, mas as faculdades espirituais que impulsionam o desenvolvimento dos órgãos correspondentes.
Esta compreensão inverte a perspectiva materialista que vê o cérebro como gerador da mente. O cérebro é instrumento, não fonte. Um instrumento mais desenvolvido permite expressão mais plena das faculdades preexistentes, mas não as cria. A analogia seria com um músico e seu instrumento: um violino superior permite execução mais refinada, mas a musicalidade pertence ao artista, não ao instrumento. O desenvolvimento cerebral acompanha e serve às necessidades do Espírito que o habita.